Em 1998, a companhia S.A.Marionetas – Teatro & Bonecos organizou em Alcobaça a 1ª edição do festival “Marionetas na Cidade” como culminar de uma série de espectáculos realizados pela companhia ao longo desse ano, e para comemorar o primeiro ano como estrutura profissional. Realizámos uma exposição com todo o trabalho feito antes de 1998, convidámos a companhia Teatro de Água Acesa de Matosinhos para representar "o retábulo de D.Cristobal" e apresentámos uma série de espectáculos da companhia em salas e ruas de Alcobaça.
Na continuação desta experiência e em busca do formato ideal, em 1999 o festival foi alargado para dez dias de duração, tendo-se apresentado seis espectáculos numa programação específica para as escolas do concelho, um debate subordinado ao tema “ A Marioneta em Portugal”, uma exposição de artes plásticas com o tema “ A Marioneta”, uma exposição com o espólio de Manuel Rosado, animação de rua, seis espectáculos para todos, e o 1º Encontro de Teatro de Robertos.
Na edição de 2000, reformulou-se o formato, passando para quatro dias de duração, tendo este modelo sido adoptado para as edições posteriores sofrendo apenas acertos de pormenor. Esta edição desenrolou-se em colaboração com a Academia de Música da Banda de Alcobaça e Câmara Municipal. Contámos com quatro espectáculos na programação para as escolas, quatro espectáculos para todos e animação de rua com espectáculos de Robertos. esta edição obteve a declaração de interesse cultural dada pelo então ministro da cultura Dr. José Sasportes.
Em 2001, apresentaram-se seis espectáculos no programa para as escolas, animação de rua com Robertos, dois workshops de construção de marionetas e três espectáculos para todos.
Já, em 2002, a programação sofreu alterações ao inicialmente previsto, devido a dificuldades orçamentais; não deixando no entanto de se realizar a 5ª edição de Marionetas na Cidade. Assim, contámos com quatro espectáculos na programação para as escolas, dois workshops para as escolas e outros dois abertos ao público em geral, animação de rua com Robertos e dois espectáculos para todos.
Em 2003, a 6ª edição de “Marionetas na Cidade”, contou com quatro espectáculos inseridos na programação para as escolas, quatro espectáculos para todos, animação de rua com o espectáculo tradicional português “D. Roberto”, e dois ateliers de construção de marionetas abertos ao público em geral.
Em 2004 a 7ª edição o festival contou com 16 espectáculos, um workshop de construção de marionetas e uma exposição de o espólio do cedido à companhia S.A.Marionetas pela professora Lúcia Serralheiro do fantocheiro "Cesário Cruz Nunes ". De referir a presença de na rubrica "Dom Roberto convida" da companhia inglesa "Prof. Clive Chandler – Punch & Judy Show”.
No ano de 2005 a 8ª edição recebeu 8 espectáculos um pouco por toda a cidade; em parceria com o"7ª às 5ª" realizou-se um ciclo de cinema dedicado às marionetas que decorreu durante todo o mês de Outubro, ainda na área do cinema graças à parceria com a distribuidora LNK-audiovisuais realizou-se a antestreia nacional do filme "STRINGS" de Andres Ronnow-Klarlund, e um workshop  de construção de marionetas. Na rubrica "Dom Roberto convida" esteve presente a companhia francesa "Théàtre Pas Sage" com o Polichinelle bem como Alexandre Pring do Brasil com a sua "Marieta-M".
Em 2006 o festival teve a sua maior edição de sempre com 52 espectáculos, foram 16 as companhias que apresentaram as suas produções em 11 dias. De referir a continuação da rubrica “Dom Roberto Convida” com 4 companhias estrangeiras, a conferência com o tema “Marionetas em Portugal”, a exposição colectiva de fotografia e desenho “Marioneta”, e a continuação do ciclo de cinema “Fio solto” em parceria com a comissão 7ª à 5ª, o 2º Encontro do Teatro Dom Roberto desta vez com a presença dos últimos 5 marionetistas que ainda representam esta forma de teatro tradicional.
Em 2007, o Festival comemorou o seu 10º aniversário, tendo apresentado treze companhias, uma conferência “histórias com marionetas”, uma exposição de fotografia com imagens das dez edições do festival, e uma outra exposição intitulada “Marionetas em Alcobaça, 1979 – 2007” que apresentou o espólio de marionetas da companhia S.A.Marionetas.
Em 2008, o festival contou com a programação para as escolas, a conferência “vidas com marionetas”, uma exposição de fotografia “Outros bonecos” de João Costa, uma exposição de marionetas de Jorge Cerqueira, e uma outra exposição de marionetas de vidro do projecto Tempestade - Theatre of Glass. Contou ainda com a estreia do espectáculo “A Ver Navios, no reinado de D. João VI e Carlota Joaquina” uma co-produção da S.A.Marionetas e Cine-Teatro de Alcobaça. Contou ainda com a apresentação de diversos espectáculos na rua.
2009 - Mais uma vez a companhia S.A.Marionetas organiza o Festival Nacional de Teatro de Marionetas “Marionetas na Cidade” em Alcobaça, já na sua 12º edição. Neste ano apesar de grandes dificuldades, a nível financeiro, que a organização encontrou para conseguir realizar este festival, ele está cá, mais uma vez para continuar a divulgar a arte da marioneta. De referir ainda que esta edição só foi possível devido ao apoio das companhias participantes, dos patrocinadores, e de mecenas anónimos que contribuíram para que este festival continue a existir no panorama nacional, afirmando-se como a “montra” da produção nacional do teatro de marionetas. Nesta edição tivemos 10 companhias em 6 dias com 14 espectáculos a realizados na cidade de Alcobaça, mantendo a “produção nacional” como destaque do festival mas não esquecendo, também, alguns convidados de outros países. Participaram as seguintes companhias: “Teatro de Marionetas do Porto”, “Teatro e Marionetas de Mandrágora”, “Partículas Elementares”, “S.A.Marionetas”, “Cia de Títeres”, “Teatro de Formas Animadas”, “Stephen Mottram”, “The Puppetree Company”, “Mestre Filipe e Suas Marionetas”, “Fio d´Azeite”. Também foi projectado o filme”O Judeu” do realizador brasileiro Jom Tob Azulay sobre a vida de António José da Silva.